Nelson Bonifacio Acosta dejó Cobreloa en medio de problemas con la dirigencia loína. Al salir, su nombre surgió como candidato a ocupar la banca de Colo Colo, pero el adiestrador continuó su carrera en Ecuador. El 28 de mayo de 2012 fue presentado como entrenador del Deportivo Quito. Los objetivos eran levantar al equipo y pelear por un sitial en Sudamérica.
La travesía del ex seleccionador nacional duró dos meses y dos días, porque la dirigencia le solicitó la renuncia. En declaraciones a un medio radial, indicó que la directiva del club quiteño le solicitó el cargo, luego de que el Deportivo Quito perdiera 1-0 frente al Barcelona de Guayaquil, actual líder del campeonato local.
El estratega argumentó que "por falta de respaldo de los jugadores" deja la banca del club, según informó el diario El Comercio de Ecuador.
Acosta tenía contrato con Deportivo Quito por seis meses, y según comentó, el club le adeuda dos meses de sueldo.
Uno de los objetivos de Acosta era ser primero en la segunda etapa del torneo y así poder disputar la final del campeonato.