Una querella criminal, una por cuasi delito de homicidio y otra por falsificación de instrumento público, presentó una mujer antofagastina, acusa que su marido falleció por negligencia al interior del hospital regional. El año 2013 Juan Cortés se contagio con la bacteria intrahospitalaria Clostridium Dificcile y su viuda asegura el tratamiento medico no fue el adecuado. Además afirma, en el certificado de defunción omitieron antecedentes.